根据考古研究，公元前两千多年博洛尼亚地区就有相对集中的人群定居。留存下来记录表明这片土地最初称为FELSINA。公元前100多年罗马人占领了城邦，把它定为一块殖民地并把名称改为BONONIA。为何这样改名未见记载，猜测的说法是与BONA这样词有关，其在不同部落的语言中表示"肥沃的土地"或"强固"。

在罗马帝国时期博洛尼亚市作为交通要塞占据重要地位，罗马帝国垮台后博洛尼亚曾经衰退，但很快又在教皇的统治下恢复发展，到了第十世纪该城各行业一派繁荣。正是在这样的背景下，一些学者在1088年创建了博洛尼亚大学。她是公认的西方第一所大学。

博洛尼亚市中心的大部分建筑是在中世纪时期建造的。良好的建筑质量经久不衰，因此博洛尼亚市区基本保持中世纪风格。中世纪建筑与后来发展起来的哥特式建筑和巴洛克建筑相比，显得比较质朴而不华丽。

市中心大街上的老建筑拱廊（长廊）遍布，据说古时候商家把货物从店里搬到店外的拱廊下销售，而如今拱廊成了汽车无法争夺的"人行道"。在拱廊下行走不仅可以遮挡雨雪，而且夏天可以避免阳光的照射。

在第二次世界大战期间，博洛尼亚是意大利抵抗组织的中心，后来成为意大利共产党的首府。苏联的解体导致了意大利共产党的分裂，一小部分坚定共产主义的人士组成"意大利重建共产党"，而大部分前共产党员组建起一个新的政党，其在多年演变后定名为民主党（PARTITO DEMOCRATICO），简称PD。在意大利近年的政治纷争中，PD是中左派的中坚力量。

博洛尼亚市是PD最活跃的地方。每年8月下旬和9月上、中旬，PD在博洛尼亚市北边的一片空旷地组织 Festa dell'Unità，集餐饮、研讨会、娱乐于一体，这一方面是为了筹集经费，另一方面是为了宣传PD的政治主张。

意大利的其它政党如中右派的Forza Italia 极少在博洛尼亚"抛头露面"。

在意大利，博洛尼亚被戏称为红色城市，因为其政治环境，也因为拥有许多橘红色的屋顶。